气相色谱仪色谱柱安装和系统检漏工作完成后，可以开始对色谱柱进行老化。此时需要把色谱柱与检测器端断开，以氮气作载气对色谱柱进行老化。
对气相色谱仪色谱柱升至一恒定温度，通常为其温度上限。特殊情况下，可加热至高于使用温度10-20℃左右，但是一定不能超过气相色谱仪色谱柱的温度上限，那样极易损坏色谱柱。当到达老化温度后，记录并观察基线。
初始阶段基线应持续上升，在到达老化温度后5-10分钟开始下降，并且会持续30-90分钟。当到达一个固定的值后就会稳定下来。如果在2-3小时后基线仍无法稳定或在15-20分钟后仍无明显的下降趋势，那么有可能气相色谱仪系统装置有泄漏或者污染。遇到这样的情况，应立即将柱温降到40℃以下，尽快的检查系统并解决相关的问题。如果还是继续的老化，不仅对气相色谱仪色谱柱有损坏而且始终得不到正常稳定的基线。
一般来说，涂有极性固定相和较厚涂层的色谱柱老化时间长，而弱极性固定相和较薄涂层的气相色谱仪色谱柱所需时间较短。